21世紀枠とは部員不足などの困難を克服したチームや他校の模範となるチームに与えられる特別出場枠のことです。原則として各都道府県の秋季大会でベスト16（埼玉など参加校128校以上の地域はベスト32）以上のチームが推薦対象となります。
| 年度 | 大会回数 | 公私 | 県推薦校(秋季大会成績) | 関東・東京推薦校 | 21世紀枠選出校 | |
| 2001 | 平成13 | 73 | 私立 | 浦和実(県準優勝) | 稲毛(千葉) | 安積、宜野座 |
| 2002 | 平成14 | 74 | 私立 | 花咲徳栄(県準優勝) | 土浦三(茨城) | 鵡川、松江北 |
| 2003 | 平成15 | 75 | 県立 | 鷲宮(県4強) | 真岡(栃木) | 柏崎、隠岐 |
| 2004 | 平成16 | 76 | 私立 | 春日部共栄(県優勝) | 桐朋(東京) | 一関一、八幡浜 |
| 2005 | 平成17 | 77 | 県立 | 所沢商(県4強) | 二松学舎沼南(千葉) | 一迫商、高松 |
| 2006 | 平成18 | 78 | 県立 | 坂戸西(県16強) | 真岡工(栃木) | 真岡工、金沢桜丘 |
| 2007 | 平成19 | 79 | 県立 | 所沢北(県16強) | 都留(山梨) | 都留、都城泉ヶ丘 |
| 2008 | 平成20 | 80 | 私立 | 栄東(県8強) | 安房(千葉) | 安房、成章、華陵 |
| 2009 | 平成21 | 81 | 県立 | 滑川総合(県16強) | 身延(山梨) | 利府、彦根東、大分上野丘 |
| 2010 | 平成22 | 82 | 私立 | 川越東(県4強) | 水戸桜ノ牧(茨城) | 山形中央、向陽、川島 |
| 2011 | 平成23 | 83 | 私立 | 慶応志木(県8強) | 大田原(栃木) | 大館鳳鳴、佐渡、城南 |
| 2012 | 平成24 | 84 | 私立 | 昌平(県8強) | 高崎(群馬) | 女満別、石巻工、洲本 |
| 2013 | 平成25 | 85 | 県立 | 朝霞(県8強) | 日立一(茨城) | 遠軽、いわき海星、益田翔陽、土佐 |
| 2014 | 平成26 | 86 | 市立 | 市立川越(県準優勝) | 小山台(東京) | 小山台、海南、大島 |
| 2015 | 平成27 | 87 | 県立 | 春日部東(県4強) | 富岡(群馬) | 豊橋工、桐蔭、松山東 |
| 2016 | 平成28 | 88 | 県立 | 上尾(県8強) | 上尾(埼玉) | 釜石、小豆島、長田 |
| 2017 | 平成29 | 89 | 県立 | 川越工(県16強) | 石橋(栃木) | 不来方、中村、多治見 |
| 2018 | 平成30 | 90 | なし(1) | 藤岡中央(群馬) | 由利工、膳所、伊万里 | |
| 2019 | 平成31 | 91 | 県立 | 松山(県16強) | 石岡一(茨城) | 石岡一、富岡西、熊本西 |
| 2020 | 令和2 | 92 | 市立 | 川口市立(県4強) | 宇都宮(栃木) | 帯広農、磐城、平田 |
| 2021 | 令和3 | 93 | 県立 | 大宮東(県4強) | 石橋(栃木) | 八戸西、三島南、東播磨、具志川商 |
| 2022 | 令和4 | 94 | 県立 | 上尾(県4強) | 太田(群馬) | 只見、丹生、大分舞鶴 |
| 2023 | 令和5 | 95 | 私立 | 山村学園(県3位) | 石橋(栃木) | 石橋、氷見、城東 |
| 2024 | 令和6 | 96 | 県立 | 坂戸(県8強) | 水戸一(茨城) | 別海、田辺 |
| 2025 | 令和7 | 97 | 市立 | 川口市立(県8強) | ||
※年度は選抜大会開催時。県推薦校は前年の11月頃、関東・東京推薦校は前年の12月中旬頃に発表されます。
（1）県推薦校だった市立川越（県準優勝）は中学生の練習参加で推薦辞退したため、推薦校なし